德保苏铁珊瑚根均一化全长cDNA文库的构建和EST分析

编号 zgly0001466970

文献类型 期刊论文

文献题名 德保苏铁珊瑚根均一化全长cDNA文库的构建和EST分析

作者 王运华  陈庭  李楠 

作者单位 深圳市中国科学院仙湖植物园深圳市南亚热带植物多样性重点实验室 

母体文献 亚热带植物科学 

年卷期 2014年02期

年份 2014 

分类号 Q943.2 

关键词 德保苏铁  珊瑚根  均一化  cDNA文库 

文摘内容 以德保苏铁珊瑚根为材料,利用DSN(duplex-specific nuclease)均一化与SMART(switching mechanism at 5′end of RNA transcript)技术,构建均一化全长cDNA文库。经检测原始文库滴度为1.5×106 cfu·mL-1,文库重组率达97%,插入片段平均长度为1 kb。从文库中随机挑取192个cDNA克隆测序,获得175条高质量EST序列,装备成165条unique序列,其中包括7条contigs和158条singlets,EST冗余度为5.71%。将获得的174条干净的高质量EST序列与NCBI非冗余核酸库(NT)和非冗余蛋白库(NR)数据库进行Blast比对(分值≥200,一致性≥60),其中66.1%(115)的EST序列发现了与其同源的序列,而33.9%(59)的EST序列未发现与其显著同源的序列。构建德保苏铁珊瑚根均一化全长cDNA文库为功能性标记开发和功能基因研究提供了丰富的信息平台。