茶树幼根cDNA文库构建及其表达序列标签特性分析

编号 zgly0001347828

文献类型 期刊论文

文献题名 茶树幼根cDNA文库构建及其表达序列标签特性分析

作者 赵丽萍  马春雷  陈亮 

作者单位 中国农业科学院茶叶研究所茶树资源与改良研究中心  国家茶树改良中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2008年05期

年份 2008 

分类号 S571.1 

关键词 茶树  幼根  cDNA文库  表达序列标签  基因表达谱 

文摘内容 以茶树龙井43实生苗新生幼根为材料,应用pBluescript Ⅱ XR cDNA Library Construction Kit,构建了我国第一个茶树幼根cDNA文库。测试结果表明原始文库的滴度为1.85×107pfu/mL,重组率为85.7%,插入片段绝大多数分布在1.0～1.5kb左右。随机挑选5115个克隆进行序列测定,去除空载体和插入片段短于150bp的序列后,获得有效序列4833个,经过序列拼接后共获得3482条表达序列标签(expressed sequence tags,EST),包括901个contigs和2581个singletons。通过与NCBI等非冗余蛋白质数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能基因或具推测功能的EST共1376个,代表943个茶树功能基因,421个EST为未知功能基因,1685个EST为新的表达基因。这些数据将为将为我们从分子水平上更好地了解、研究、调控茶树的生理代谢、生长发育和品质等提供极有价值的资源。