一种多序列比对分治算法DCA-ClustalW

编号 zgly0000659868

文献类型 期刊论文

文献题名 一种多序列比对分治算法DCA-ClustalW

作者 业宁  张倩倩  许翠云 

作者单位 山东大学计算机科学与技术学院  南京林业大学信息科学技术学院 

母体文献 计算机与数字工程 

年卷期 2010,38(11)

页码 30-33,80

年份 2010 

分类号 TP311 

关键词 多序列比对  分而治之  ClustalW 

文摘内容 多序列比对是生物信息学研究中最基本的一项内容,多序列比对的精确算法是一个NP-hard问题,一般研究者都侧重于设计多序列比对近似算法,最有代表性的近似算法是ClustalW;分而治之是一种重要的算法设计思想,它将复杂问题分割成更简单的子问题来解决,能有效提高算法效率。本文设计了一个DCA-ClustalW算法,对多序列比对问题,同时考虑从纵向和横向两个方面将复杂问题分割成简单易解的子问题,在BaliBase基准数据集上测试表明,该算法是可行的。