转录组分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA对毛白杨悬浮细胞表达谱的影响

编号 zgly0001645631

文献类型 期刊论文

文献题名 转录组分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA对毛白杨悬浮细胞表达谱的影响

作者 张永卓  刘雅琳  陆海  李慧 

作者单位 北京林业大学生物科学与技术学院 

母体文献 北京林业大学学报 

年卷期 2018年09期

年份 2018 

分类号 S792.117 

关键词 转录组  悬浮细胞  TSA  毛白杨  组蛋白去乙酰化 

文摘内容 组蛋白去乙酰化酶HDAC具有调节细胞增殖、诱导细胞分化、凋亡的作用,是近年生物学研究热点之一,而在木本植物方面的作用却鲜有报道。【目的】本实验用组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A(Trichostatin A,TSA)对杨树悬浮细胞进行处理,通过改变细胞的组蛋白乙酰化水平,来探讨其对基因表达谱变化的影响。【方法】用0.5μmol/L的TSA处理悬浮细胞,10 d后收集材料用于RNA-Seq分析,比较经过TSA处理与对照组的悬浮细胞之间转录组表达差异情况。【结果】通过显微镜观察发现,对照组细胞呈均匀椭圆形,而经过TSA处理后的细胞出现圆形及长条形细胞。通过转录组分析得到4 465个差异表达基因(DEGs),其中2 363个基因上调,2 102个基因下调。差异表达基因主要富集在细胞周期、苯丙素生物合成、细胞壁结构成分和乙酰化相关等途径。【结论】通过分析TSA处理和对照组的悬浮细胞基因表达差异,发现TSA通过影响组蛋白乙酰化水平直接或间接影响细胞生长、细胞壁组分和细胞周期的相关基因,为认识组蛋白乙酰化对植物生长发育的影响提供依据。