刨花润楠SSR-PCR体系优化及天然种群遗传多样性研究

编号 zgly0001676531

文献类型 期刊论文

文献题名 刨花润楠SSR-PCR体系优化及天然种群遗传多样性研究

作者 朱芹  李培  周鹏  张俊杰  阙青敏  惠文凯  陈晓阳 

作者单位 嘉应学院生命科学学院  华南农业大学林学与风景园林学院广东省森林植物种质创新与利用重点实验室亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室  北京林业大学生命科学与技术学院 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2019年04期

年份 2019 

分类号 S792.24 

关键词 刨花润楠  SSR-PCR  体系优化  种群  遗传多样性 

文摘内容 [目的]建立刨花润楠SSR-PCR最佳反应体系,从樟科树种SSR引物中筛选多态性高的引物,并对刨花润楠遗传多样性进行分析。[方法]对影响PCR反应体系的5个因素设置7个水平,利用正交设计L16（45）进行优化,确定最佳体系,并用该体系从187对候选引物中进行引物筛选。利用软件POPGENE1.32、PowerMarkerv3.25、FSTAT、GenAlex6.5、Structure2.3和POPTREE分别计算观测等位基因数目（Na）、观察杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态性信息量（PIC）、基因流（Nm）,进行群体遗传结构分析和UPGMA法聚类分析。[结果]刨花润楠最佳体系（20μL）为:Taq酶1.0 U、dNTPs 0.25 mmol·L-1、Mg2+ 1.25 mmol·L-1、引物0.5μmol·L-1、模板50 ng。最终筛选出12对具有多态性高的SSR引物。Na、Ho、He和PIC的平均值分别为15.083、0.576、0.751和0.722,表明种群具有较丰富的遗传多样性;Nm平均值为1.500,种群间存在频繁的基因交流;UPGMA将24个种源聚为3类,与Structure分析结果一致。[结论]本研究成功优化了刨花润楠SSR-PCR反应体系,并获得12对适用于刨花润楠的SSR引物,刨花润楠种群遗传多样性丰富,种群间存在频繁的基因交流,24个种源可聚为3类。