相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究

编号 zgly0000475140

文献类型 期刊论文

文献题名 相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 赵辉  李启寨  李俊  曾长青  胡松年  于军 

作者单位 中国科学院北京基因组研究所暨北京华大基因研究中心  中国科学院数学与系统科学研究院  中国科学院研究生院 

母体文献 中国科学: C辑 

年卷期 2006,36(1)

页码 1-8

年份 2006 

分类号 Q943  S828.2 

关键词 点突变  单碱基多态性  替换  替换偏差  转换  颠换 

文摘内容 碱基替换突变是形成物种多态性和造成生物进化的根本原因之一。近年的研究表明: 基因组的碱基组分在不同程度上与碱基替换突变的发生相关。以水稻全基因组3611007个SNPs(包括45462个编码区SNPs和242811个内含子区SNPs)和拟南芥全基因组32019个SNPs为研究对象, 研究突变位点周围的碱基A＆T(A和T)的使用频率和点突变类型的相关性, 结果表明: 水稻和拟南芥全基因组上转换和颠换的比值(Ts/Tv)以及紧邻突变位点(上下游各1个碱基)上A＆T碱基的个数负相关。统计了6种SNP的AT2(直接相邻的碱基是A或T的个数)和AT0(直接相邻碱基是C或G的个数), 发现水稻和拟南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大, 说明C/G型SNP可能受直接临近区域上A＆T碱基的影响最大。在水稻全基因组SNPs中, A＆T碱基影响突变的范围局限在突变位点上下游2个碱基内。拟南芥A＆T碱基影响其全基因组SNPs的范围不超过上下游4个碱基。