松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析(英文)

编号 zgly0000870778

文献类型 期刊论文

文献题名 松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析(英文)

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 孔凡明  王小龙  陈赢男  李淑娴  徐进  尹佟明 

作者单位 南京林业大学  林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室  南京林业大学林  木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室 

母体文献 南京林业大学学报;自然科学版 

年卷期 2014(2)

页码 47-51

年份 2014 

关键词 表达序列标签  序列组装  微卫星  松属 

文摘内容 从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0%,4碱基重复微卫星占13.3%,5碱基重复微卫星占15.5%。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小,松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示,设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72.9%。