甘蓝EST-SSR标记的开发与应用

编号 zgly0001380056

文献类型 期刊论文

文献题名 甘蓝EST-SSR标记的开发与应用

作者 陈琛  庄木  李康宁  刘玉梅  杨丽梅  张扬勇  程斐  孙培田  方智远 

作者单位 中国农业科学院蔬菜花卉研究所  青岛农业大学  内蒙古农业大学 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2010年02期

年份 2010 

分类号 S635.3 

关键词 甘蓝  EST-SSR  标记开发  指纹图谱 

文摘内容 从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。