基于RNA-seq数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR分子标记

编号 zgly0001544527

文献类型 期刊论文

文献题名 基于RNA-seq数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR分子标记

作者 熊翠玲  张璐  付中民  王鸿权  侯志贤  童新宇  李汶东  郑燕珍  陈大福  郭睿 

作者单位 福建农林大学蜂学学院 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2017年01期

年份 2017 

分类号 S891 

关键词 RNA-seq  中华蜜蜂  幼虫肠道  SSR分子标记 

文摘内容 中华蜜蜂是东方蜜蜂的一个亚种,也是我国的特有蜂种。本研究基于已获得的中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据预测SSR分子标记,并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的发掘。利用MISA软件对幼虫肠道转录组中数据组装得到的43557条unigenes进行搜索,共预测出13448个SSR位点,它们分布于7763条unigene中,其中最主要的重复类型为二核苷酸重复(58.03%),其次为三核苷酸重复(28.23%)和四核苷酸重复(9.72%)。二核苷酸重复中的基序主要是AT/AT(占总量的30.4%)。对于所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件成功设计出21627对引物,随机选取48对引物对5个不同来源的中华蜜蜂幼虫肠道样品进行SSR位点扩增,共有15对成功扩增出符合预期的目的片段。研究结果表明利用转录组数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR引物是可行的,本研究开发出的SSR引物为研究中华蜜蜂分子遗传学奠定了基础。