毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析

编号 zgly0000716353

文献类型 期刊论文

文献题名 毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 钟浩  周明兵  白有煌  汤定钦 

作者单位 浙江林学院浙江省现代森林培育技术重点实验室  浙江大学生命科学学院生物信息系 

母体文献 林业科学 

年卷期 2010,46(4)

页码 37-42

年份 2010 

分类号 S718.46 

关键词 毛竹  磁珠富集  转座子  TIRs  Stowaway-like  MITEs 

文摘内容 微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats,TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication,TSD)。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TIRs前20bp的相似性均高于50%,表明毛竹的Stowaway-like MITEs在TIRs上是高度保守的。