加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析

编号 zgly0001697045

文献类型 期刊论文

文献题名 加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析

作者 刘慧芳  张莉娟  李宁求  梁红茹  林强  刘礼辉  牛银杰  付小哲 

作者单位 中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部渔用药物创制重点实验室广东省水产动物免疫技术重点实验室  上海海洋大学水产与生命学院 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2020年03期

年份 2020 

分类号 S941.41 

关键词 鱼类弹状病毒  弱毒株  加州鲈  全基因组序列  G蛋白 

文摘内容       【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株（MSRV-SS-7）及其母源株（MSRV-SS）进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒（SCRV）基因序列（NC008514.1）设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法（RACE）获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属（Perhabdovirus）聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。