基于高通量测序的麦红吸浆虫转录组分析

编号 zgly0001693098

文献类型 期刊论文

文献题名 基于高通量测序的麦红吸浆虫转录组分析

作者 蒋月丽  李彤  武予清  苗进  巩中军  段云  刘启航 

作者单位 河南省农业科学院植物保护研究所河南省农作物病虫害防治重点实验室农业部华北南部有害生物治理重点实验室 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2020年01期

年份 2020 

分类号 S435.122 

关键词 麦红吸浆虫  高通量测序  转录组  生物信息学 

文摘内容 麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana（Gehin）是一种世界性的小麦害虫。为获得其转录组信息,本研究采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeqTM2000对麦红吸浆虫成虫转录组进行测序。共获得转录组样本数据量为27.88 G,经分析共获得59 257个Unigenes,总长度49 861 164 bp,最短20 bp,最长29 282 bp,平均长度841 bp。将Unigenes序列与NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、GO和KOG数据库进行比对(e≤10-10),共获得95 029个结果。通过GO功能分类,共有19 584个Unigenes在GO数据库中细胞组分、分子功能和生物学过程等3大类50个功能组中找到对应。与KOG数据库进行比对,共有11 279个麦红吸浆虫Unigenes被注释,按功能大致可分为26类。通过KEGG pathways分析,共有9 110个麦红吸浆虫Unigenes被注释,分别归属于细胞进程、环境信息进程、遗传信息进程、新陈代谢和有机体系统5大类代谢途径,主要包括细胞生长与死亡、细胞运动、信号转导、能量代谢等32类代谢途径。CDS预测发现30 088条序列可被编码,占全部基因的50.78%。SSR位点查找发现,在59 257个Unigenes中共找到36 323个SSR位点,发生率为61.30%。本研究获得的巨大的麦红吸浆虫转录组信息,为麦红吸浆虫的功能基因挖掘提供了重要的信息资源。