火炬松热胁迫cDNA文库的表达谱分析

编号 zgly0000657959

文献类型 期刊论文

文献题名 火炬松热胁迫cDNA文库的表达谱分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 林元震  陈晓阳  郭海  刘纯鑫  黄少伟 

作者单位 华南农业大学林学院  华南农业大学热带亚热带林业生物技术实验室 

母体文献 生物信息学 

年卷期 2010(3)

页码 233-236

年份 2010 

分类号 Q756 

关键词 火炬松  EST  热胁迫  表达谱 

文摘内容 以火炬松热胁迫cDNA文库的EST序列为材料,对EST序列进行聚类、拼接等处理后,再进行Blast同源比对以及基因GO注释分析。研究结果如下: 从Forest TreeDB数据库中下载了火炬松热胁迫cDNA文库的所有EST序列,共4 283条。EST序列经CAP3拼接后,获得2 062个UniGene,其中934个Contig,1 128个Singletons。对UniGene进行同源检索,按照GO的分子功能、生物过程和细胞组分三个不同分类角度分类,被赋予功能的基因数累计达4 661个,但365个(17.7%)的序列与核酸和蛋白数据库无序列同源性,即17.7%为新发现的基因。经对所有具有功能的基因研究发现,受外界胁迫表达的抗逆相关基因含量较高。上述研究结果对于研究火炬松热胁迫基因表达特征与抗逆分子机制具有一定的借鉴价值,以及开发火炬松新分子标记与开展分子辅助育种具有一定的指导意义。