批量下载GenBank基因序列数据的新工具——NCBIminer

编号 zgly0001630469

文献类型 期刊论文

文献题名 批量下载GenBank基因序列数据的新工具——NCBIminer

作者 徐晓婷  王志恒  DimitarDimitrov  CarstenRahbek 

作者单位 北京大学城市与环境学院生态学系  北京大学地表过程分析与模拟教育部重点实验室  NaturalHistoryMuseum  UniversityofOslo  Oslo  Norway  CenterforMacroecology  EvolutionandClimate  NaturalHistoryMuseumofDenmark  UniversityofCopenhagen  ImperialCollegeLondon  GrandChallengesinEcos 

母体文献 生物多样性 

年卷期 2015年04期

年份 2015 

分类号 Q811.4 

关键词 GenBank  生物信息学  基因序列  系统进化  DNA  核苷酸序列 

文摘内容 核苷酸序列是生物体遗传信息的载体,是现代生物学和生态学的基础数据。随着测序技术的进步,大量核苷酸序列被提取并存储在公共数据平台中,其中Gen Bank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)是目前最大的核苷酸序列数据平台之一。截至2015年2月,该平台收录核苷酸序列总数已超过1.8亿条、覆盖全球超过30万个物种。但如何从如此海量的数据中准确、快速查找并下载所需数据已成为限制基因数据广泛使用的障碍之一。为此,我们开发了一款可高效、准确下载Gen Bank数据的生物信息学软件NCBIminer。NCBIminer可根据用户提供的核苷酸序列名称、数据类型、一或多条初始化参考序列,查找并下载用户指定的多个物种或类群的特定基因序列数据。该软件下载地址为https://github.com/greengirl/NCBIminer/releases/,可在Windows、Linux和MAC操作系统下免费使用;同时,其操作简单,用户无需生物信息学背景。为方便该软件的使用,本文将介绍该软件的工作流程与算法、安装及使用过程中的参数设置等。