资阳香橙根cDNA全长文库的构建及EST分析

编号 zgly0000772958

文献类型 期刊论文

文献题名 资阳香橙根cDNA全长文库的构建及EST分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 王金萍  宋二玲  姚利晓  李凤龙  何永睿  陈善春 

作者单位 西南大学园艺园林学院  西南大学柑桔研究所  国家柑桔品种改良中心 

母体文献 中国南方果树 

年卷期 2011,40(3)

页码 1-5,10

年份 2011 

分类号 S666.4 

关键词 cDNA文库  根  资阳存拯  表达序列标签  测序 

文摘内容 以资阳香橙根RNA为材料, 采用趴压ART技术构建了cDNA全长文库, 并对其质量进行鉴定。结果显示, 该文库的库容量为4.8×10。pfu/mL, 重组率为93%, 文库插入片段大小主要集中在0.5～1.0kb。从文库中随机挑取450个克隆进行5’端单向测序, 去除载体序列及低质量的序列后, 共获得有效长度大于150bp的高质量ESTs(expressed sequence tags)序列438条, 利用Bi-oEdit软件对有效ESTS序列进行片段重叠群分析和拼接后, 获得251个独立基因(Unigenes), 其中包括87个片段重叠群(Contigs)和164个独立的ESTs(Singlets); 通过与NCBI的非冗余核酸数据库进行tBLASTx比对, 初步确定已知功能基因146个, 未知功能基因91个.另有14个umgene未与数据库中序列匹配。该研兜为进一步分离克隆资阳香橙根部功能基因奠定了基础。