南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究

编号 zgly0001476015

文献类型 期刊论文

文献题名 南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究

作者 李炎林  杨星星  张家银  黄三文  熊兴耀 

作者单位 湖南农业大学园艺园林学院  国家中医药管理局亚健康干预技术实验室  中国农业科学研究院蔬菜花卉研究所 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2014年04期

年份 2014 

分类号 S791.49 

关键词 红豆杉  转录本  引物  SSR 

文摘内容 利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes(38 Mb),通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160个SSR位点(2.24%),其平均发生率为1/18.01 kb,基序长度为14~25 bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的38.56%和37.08%。2 160个SSR位点由703种重复基序构成,其中六核苷酸占60.96%,主要分布在3~4重复;二、三核苷酸占总SSR位点的44.81%,其中以(AG/CT)n、(AT/AT)n、(AAG/CTT)n、(AGC/CTG)n、(AGG/CCT)n和(ATC/ATG)n重复基序最为丰富,合占总SSR重复类型的34.73%,并出现少量的(CG/CG)n和(CCG/CGG)n重复。通过L9(34)正交试验得到最优的SSR-PCR体系,10μL PCR体系中含DNA 20 ng,1×PCR缓冲液,MgCl220 mmol,dNTPs 0.35 mmol,引物0.25μmol,Taq酶0.45 U。随机挑选62对SSR引物进行8个南方红豆杉株系的SSR扩增,有效扩增率为53.23%,多态性比率为38.71%。这些多态性转录组SSR引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。