应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

编号 zgly0001694433

文献类型 期刊论文

文献题名 应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

作者 张珊珊  陈剑  杨文忠 

作者单位 国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室(云南省林业科学院) 

母体文献 东北林业大学学报 

年卷期 2020年04期

年份 2020 

分类号 Q943 

关键词 富民枳  简化基因组测序  遗传多样性分析  遗传管理 

文摘内容 富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株。通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性。经过遗传变异检测,共获得SNP位点491 189个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5、次要基因型频率（MAF）>0.05筛选以后,得到有效SNP位点41 077个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对富民枳完成了群体的遗传多样性分析,研究分析了富民枳天然种群和回归种群的私人等位基因数目、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）、核苷酸多样性（π）和平均近交系数(FIS)5个遗传多样性参数。结果表明,富民枳现存植株的遗传多样性较高,具有很高的遗传资源保存价值,但是回归种群的Ho值、He值、π值分别为0.398 3、0.291和0.330 6,分别仅是天然种群遗传多样性的87%、78%和73%,并未达到90%以上遗传多样性的标准。