杏基因组全新组装及杏的进化分析

编号 zgly0001721188

文献类型 期刊论文

文献题名 杏基因组全新组装及杏的进化分析

作者 苑克俊  葛福荣  牛庆霖 

作者单位 山东省果树研究所 

母体文献 植物生理学报 

年卷期 2020年10期

年份 2020 

分类号 S662.2 

关键词 杏  基因组  基因  染色体  系统发育树 

文摘内容 杏(Prunus armeniaca)是一种风味独特、具有重要经济和营养价值的果树。选择以杏品种‘美华’为试材,利用先进的Illumina、PacBio和Hi-C组合技术,分别获得Illumina数据40.92 Gb、PacBio数据32.56 Gb和Hi-C辅助组装数据36.9 Gb,组装出全新的杏基因组HiC Ver 1.0,其序列叠连群(contig)总长和半总长位置叠连群(N50)大小分别是243.35和1.81 Mb,包含未知碱基的序列叠连群(scaffold)总长和N50大小分别是243.37和30.07 Mb。组装基因组的98.0%挂载到8个假分子形式的染色体。基因组杂合率0.425%,重复序列占47.1%, GC含量37.4%,预测出23 445个蛋白质编码基因。利用12种植物共有的664个单拷贝基因家族构建系统发育树,结果表明杏和梅(P. mume)约在10.7百万年(Ma)前分歧, 5种核果类果树与2种仁果类果树的祖先约在57.2 Ma前分歧。与杏和梅的共同祖先相比,杏有198个基因家族扩张、729个基因家族收缩。与其他4种核果类果树比较,杏有327个特有基因家族(437个特有基因);与其他11种植物比较,杏有90个特有基因家族(187个特有基因)。