甘蔗花叶病毒福州分离物全基因组克隆及种群分析

编号 zgly0001514183

文献类型 期刊论文

文献题名 甘蔗花叶病毒福州分离物全基因组克隆及种群分析

作者 邓宇晴  杨永庆  翟玉山  程光远  彭磊  郑艳茹  林彦铨  徐景升 

作者单位 农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室福建农林大学 

母体文献 植物病理学报 

年卷期 2016年06期

年份 2016 

分类号 S435.661 

关键词 甘蔗  甘蔗花叶病毒  全基因组  进化分析 

文摘内容 为丰富甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)种群信息,探索SCMV种群结构,本研究运用RT-PCR方法克隆了采自福州的2个SCMV分离物(分别命名为FZ-C1和FZ-C2)的全基因组,结合已公布的18个SCMV分离物的全基因组序列,利用MEGA 4.1和Simplot软件对SCMV的种群结构进行了分析。结果显示,FZ-C1和FZ-C2全长分别为9 570nt和9 573 nt,均包含一个9 189 nt的开放阅读框,编码长度为3 063个氨基酸的多聚蛋白。这2个分离物与SCM V-A株系的相似性最高,酶切位点也与SCMV-A株系的基本一致。系统发育进化分析表明,SCMV可以分为3组,分别命名为SSGⅠ、Ⅱ、Ⅲ。SSGⅠ来源于玉米(Zea mays),SSGⅡ和SSGⅢ来源于甘蔗(Saccharum spp.hybrid),其中SSGⅢ主要来源于果蔗。FZ分离物聚在SSGⅡ组内。研究结果丰富了SCMV全基因组序列信息,有助于全面了解SCMV种群的遗传进化关系。