西洋接骨木转录组SSR挖掘及荧光标记开发

编号 zgly0001686658

文献类型 期刊论文

文献题名 西洋接骨木转录组SSR挖掘及荧光标记开发

作者 姚俊修  李善文  任飞  李庆华  刘学良  吴德军  燕丽萍 

作者单位 山东省林业科学研究院  山东省林木遗传改良重点实验室  山东农业大学 

母体文献 中南林业科技大学学报 

年卷期 2019年12期

年份 2019 

分类号 S793.9 

关键词 西洋接骨木  转录组  SSR  荧光标记 

文摘内容 转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录组的257 975条Unigene,检测到64 148个SSR位点,分布于51 336条Unigene,SSR位点出现频率为24.87%(SSR位点数与总的Unigene数的比值),其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的51.13%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的38.63%和9.11%。A/T和AG/CT是单核酸和二核苷酸的优势重复基元。通过试验优化获得最优的两步荧光引物PCR扩增体系。加M13接头PCR扩增体系:10μL PCR体系中含DNA原液1μL,2×Mix 5μL,10μM引物各0.1μL,灭菌超纯水3.8μL;荧光引物PCR扩增体系:20μL PCR体系中含第一步扩增产物DNA原液2μL,2×Mix 10μL,10μM M13接头及反向引物各0.15μL,灭菌超纯水7.7μL。利用已筛选的100对荧光SSR引物对8个不同种接骨木个体进行SSR扩增,80对可扩增出条带,有效扩增率为80%,25对可成功扩增出多态性,多态性比率为31.25%,从25对具有多态性引物中选择14对多态性较好的引物对不同种接骨木进行遗传多样性分析,14对多态性引物共检测出67个等位基因(Na),每位点3～7个,平均等位基因4.786个;每位点有效等位基因数(Ne)1.684～6.095个,平均有效等位基因数3.413个,观测杂合度(Ho)及期望杂合度(He)分别在0～0.875和0.406～0.836之间,平均值分别为0.313、0.664;Shannon多样性指数(I)在0.736～1.862之间,平均1.310。不同种接骨木具有较高的遗传多样性,25对具有多态性荧光SSR标记开发可为接骨木分子标记辅助育种、杂种优势预测等提供理论基础。