CSFV陕西分离株SXCDK全基因的克隆与分析

编号 zgly0001409679

文献类型 期刊论文

文献题名 CSFV陕西分离株SXCDK全基因的克隆与分析

作者 李玲伟  张志  吴发兴  程伟  杨若松  张燕霞  刘爽  郑辉  李晓成  陈德坤 

作者单位 西北农林科技大学动物医学院  中国动物卫生与流行病学中心 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2011年01期

年份 2011 

分类号 S852.651 

关键词 猪瘟病毒  全基因  分离株SXCDK  序列分析  2.1a亚群 

文摘内容 【目的】分离猪瘟病毒(CSFV)SXCDK株,测定其全基因组序列,研究其分子特性及与其他毒株的亲缘关系,为猪瘟病毒分子流行病学研究积累材料。【方法】从陕西省西安市采集疑似猪瘟病料进行病毒分离,获得猪瘟病毒SXCDK株。根据GenBank上发表的猪瘟病毒全基因序列及相关参考文献,合成11对引物,应用RT-PCR技术分11段扩增CSFV分离株SXCDK基因,拼接后获得其全基因组(GenBank登录号:GQ923951)。利用DNAstar、ClustalX1.83和Mega 4.1等软件,对分离株SXCDK与其他猪瘟病毒毒株的核苷酸和氨基酸序列进行比较分析。【结果】CSFV陕西分离株SXCDK基因组全长12 296 nt,由373 nt的5′非翻译区、编码3 899个氨基酸的11 697 nt开放阅读框和226 nt的3′非翻译区组成。分离株SXCDK和其他毒株的核苷酸序列同源性为83.6%~96.2%,氨基酸序列的同源性为91.3%~97.8%。从进化的角度来看,分离株SXCDK与台湾分离株96TD的亲缘关系最近,两者之间的进化距离为0.038,分离株SXCDK与2006年陕西省分离株SXYL2006进化距离较远,两者之间的进化距离为0.065。CSFV SXCDK株属于2.1a亚群毒株。【结论】分离株SXCDK是我国内地首株已确定全基因序列的猪瘟病毒2.1a亚群毒株,与同亚群的96TD亲缘关系最近。