樟树全基因组调查

编号 zgly0001478396

文献类型 期刊论文

文献题名 樟树全基因组调查

作者 伍艳芳  肖复明  徐海宁  章挺  江香梅 

作者单位 江西省林业科学院/国家林业局樟树工程技术研究中心 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2014年01期

年份 2014 

分类号 S792.23 

关键词 基因组大小  樟树  杂合率  GC含量 

文摘内容 樟树是我国特有的珍贵用材和经济树种,富含多糖多酚、萜类等次生代谢物质,是香精香料、油脂化工和医药等的重要原料树种。本研究采用高通量测序技术(Illumina HiseqTM2000)首次测定了樟树基因组大小,并利用生物信息方法估计樟树杂合率、重复序列情况和GC含量等基因组信息,为全基因组测序策略的选择提供依据。主要结论如下:(1)樟树基因组大小粗略估计为760 Mb左右;(2)樟树基因组有较高的杂合率和一定的重复,杂合率约为0.65%;(3)由于樟树杂合率较高,全基因组鸟枪法策略不适合该基因组测序分析,可尝试使用BAC-to-BAC策略或fosmid策略,有利于樟树基因组的序列拼接和组装。