特有植物短丝木犀(Osmanthus serrulatus)转录组微卫星特征分析

编号 zgly0001528869

文献类型 期刊论文

文献题名 特有植物短丝木犀(Osmanthus serrulatus)转录组微卫星特征分析

作者 陈林  李龙娜  杨国栋  戴亚平 

作者单位 南京林业大学南方现代林业协同创新中心  南京林业大学生物与环境学院  南京农业大学农业生物学虚拟仿真实验教学中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2016年04期

年份 2016 

分类号 S685.13 

关键词 短丝木犀  特有植物  微卫星  SSR  转录组测序 

文摘内容 利用MISA软件对短丝木犀花和叶芽转录组测序得到的92 798条独立基因(unigenes)进行SSR位点查找和分析,共搜索到11 881个SSR位点,除单碱基重复外,SSR出现频率为4.64%,分布密度为1/15.02 kb。二碱基和三碱基重复为短丝木犀SSR主要重复单元类型,分布占SSR总数的66.35%和30.42%。其中AG/CT和AAG/CTT分别为二碱基和三碱基重复单元的优势重复基元,分别占各自重复单元的63.21%、30.38%。短丝木犀SSR多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20 bp的SSR仅占总数的13.47%。同时发现短丝木犀SSR的频率和长度呈显著负相关(p<0.01),相关系数为-0.408。另外,设计筛选得到2 435对SSR引物。短丝木犀转录组SSR位点出现频率高,类型丰富、多态性潜能较高。