菊花EST-SNP的发掘与特征分析

编号 zgly0000810917

文献类型 期刊论文

文献题名 菊花EST-SNP的发掘与特征分析

作者 万志兵  王言言  陈黎 

作者单位 黄山学院 

母体文献 东北林业大学学报 

年卷期 2013(5)

页码 84-86

年份 2013 

分类号 S682.11 

关键词 菊花  单核苷酸多态性  分子标记 

文摘内容 下载GenBank数据库中已公布的菊花EST序列7087条, 利用GSDehove Assembler软件进行叠连群构建, EST序列构建275个叠连群, 长度共计142713bp, 发现候选SNP位点214个, SNP平均出现频率为O.15%.共有52个contigs含有SNP位点, 每个contig含有4.12个SNP位点, 一个contig含有的SNP位点数最多的是40个, 40.39%的contigs只含有1个SNP位点; 不同叠连群所含SNP位点的数量差异较大, 且转换类型明显高于颠换类型: Contigs的总长度是142713bp, 平均666.9bp含有1个SNP位点。另外, 还应用Primer Premier50辖照引物设计要求共设计出1322对EST-SNP引物。