基于新一代高通量测序技术开发巨人半边莲Lobelia deckenii的SSR标记

编号 zgly0001497196

文献类型 期刊论文

文献题名 基于新一代高通量测序技术开发巨人半边莲Lobelia deckenii的SSR标记

作者 米奇  龙志成  Muchuku John Kamau  陈进明  王青锋 

作者单位 中国科学院武汉植物园中国科学院水生植物与流域生态重点实验室  中国科学院大学 

母体文献 植物科学学报 

年卷期 2015年06期

年份 2015 

分类号 Q943.2 

关键词 东非特有植物  半边莲属  高通量测序  SSR标记 

文摘内容 为了开发东非半边莲属特有植物的微卫星分子标记(SSR),本研究基于Illumina-HiSeq 2000测序平台对巨人半边莲Lobelia deckenii的基因组进行高通量测序。利用MISA软件对获得的基因组数据库进行搜索与分析,共鉴别出58 966个SSR位点,并利用Primer软件成功设计出3558对特异性的SSR引物。利用L.deckenii 3个居群的6个样品对随机挑选的40对SSR引物进行扩增效率检验,发现有32对重复性好且可扩增出清晰条带。利用筛选出的32对SSR引物对来自肯尼亚山居群的24株个体进行PCR扩增并采用荧光分型技术检测多态性,结果显示有14对可扩增出稳定的多态性条带,共有86个等位基因,各SSR位点的等位基因数(NA)为4~9个,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.000~1.000和0.625~0.854。本研究结果表明,通过高通量测序技术开发东非特有植物巨人半边莲的SSR标记是一种简单而高效的途径,这些新的SSR分子标记为巨人半边莲的居群遗传多样性、遗传结构以及对其开展保护生物学研究提供了工具。