石榴转录组密码子使用偏向性

编号 zgly0001540233

文献类型 期刊论文

文献题名 石榴转录组密码子使用偏向性

作者 张太奎  起国海  叶红莲  张孟伟  肖巍  苑兆和 

作者单位 南京林业大学南方现代林业协同创新中心  南京林业大学林学院  中国林业科学研究院资源昆虫研究所  北京林业大学林学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2017年04期

年份 2017 

分类号 S665.4 

关键词 石榴  密码子使用偏向性  转录组  基因家族 

文摘内容 对石榴(Punica granatum)转录组数据进行从头组装,预测完整CDS序列的密码子使用偏向性;将石榴转录谱与其他8种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度(RSCU)比较,并对石榴WRKY和MYB家族基因进行亚家族进化分析和RSCU比较。结果表明:(1)石榴转录组主要受自然选择压影响。密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因;没有密码子使用偏向性的基因多与维持生命活动本质相关。(2)基因差异高表达影响RSCU,CpG二核苷酸富集影响密码子适应性。(3)物种间亲缘关系越近,RSCU值越相似。对蔷薇分支物种密码子进行RSCU比较,石榴与巨桉(Eucalyptus grandis)偏向性基本一致。(4)亚家族功能分化影响密码子偏向性。石榴WRKY亚家族1、4和13在翻译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用AGG、CUC,这与其不断进化的抗逆功能相关。石榴MYB亚家族8在翻译苏氨酸时偏向选择ACA,这与其扩张中的木质化功能相关。