陕北地区马铃薯X病毒CP基因的RT-PCR检测及其序列分析

编号 zgly0001480149

文献类型 期刊论文

文献题名 陕北地区马铃薯X病毒CP基因的RT-PCR检测及其序列分析

作者 冯光惠  杜虎平  李夏隆  亢福仁 

作者单位 榆林学院生命科学学院 

母体文献 西北农林科技大学学报(自然科学版 

年卷期 2014年09期

年份 2014 

分类号 S435.32 

关键词 马铃薯X病毒  外壳蛋白基因  RT-PCR  序列分析 

文摘内容 【目的】分析陕北8个县(区)马铃薯X病毒外壳蛋白(CP)基因序列的一致性和变异性,明确病毒变异程度,为脱毒马铃薯的推广提供参考。【方法】以陕北8个县(区)种植2~3代疑似携带病毒的马铃薯叶片为材料,首先用Trizol法提取8个采样点马铃薯叶片总RNA,以已公布的马铃薯X病毒CP基因序列设计特异引物,通过RT-PCR扩增目的DNA片段,用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物;然后对CP基因进行克隆并测序,使用DNAstar软件分析陕北马铃薯X病毒CP基因序列的一致性,并与国内外其他地区12个马铃薯X病毒进行比较,采用邻接法构建系统进化树。【结果】从陕北8个县(区)马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的长度为620bp目的片段,可知这些马铃薯均感染了X病毒。不同CP基因序列之间存在微小变异,8个县(区)样品间CP基因的序列一致性在95.2%~99.4%,与国内外其他地区12个样品CP基因的序列一致性在92.9%~98.5%。系统进化树显示,将X病毒可分为4个类群,而陕北8县(区)马铃薯X病毒归属于其中的2个类群。【结论】马铃薯X病毒在陕北地区普遍存在,RT-PCR方法可快速、准确地检测到马铃薯X病毒,X病毒CP基因存在一定程度的变异。