羊传染性脓疱病毒湖北分离株CBP二级结构及其细胞表位的预测

编号 zgly0001469904

文献类型 期刊论文

文献题名 羊传染性脓疱病毒湖北分离株CBP二级结构及其细胞表位的预测

作者 黎摄儿  赵苗苗  崔成  黎满香 

作者单位 湖南农业大学动物医学院  甘肃农业大学动物医学院 

母体文献 中国动物传染病学报 

年卷期 2014年03期

年份 2014 

分类号 S852.65 

关键词 羊传染性脓疱病毒  毒力因子趋化因子结合蛋白  二级结构  细胞表位  预测 

文摘内容 参照GenBank中羊传染性脓疱病毒(Orf virus,ORFV)的毒力因子趋化因子结合蛋白(chemokine-binding protein,CBP)基因的核苷酸序列设计合成1对特异性引物,以羊传染性脓疱病毒湖北分离毒株的DNA为模板,提取总DNA。采用PCR方法特异扩增该基因片段,得到CBP基因序列。通过网络平台的SOPMA服务器和DNAStar软件预测ORFV CBP蛋白的二级结构;综合利用DNAStar软件、二级结构预测及ABCpred方案预测羊ORFV CBP蛋白的B细胞表位;分别采用人工神经网络法(ANNA)和在线程序预测ORFV CBP蛋白的细胞毒性T细胞和辅助T细胞的抗原表位。结果显示,ORFV CBP蛋白的二级结构主要包括α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和β-片层4种类型,分别为α-螺旋占24.64%、β-片层占22.14%、β-转角占3.39%、无规则卷曲占49.29%;有7个优势B细胞表位,7个细胞毒性T细胞表位和3个辅助T细胞表位。本研究为ORFV诊断方法的建立、单克隆抗体的制备及表位疫苗的研制提供了理论依据。