山茶属叶绿体全基因组微卫星特征分析及标记开发

编号 zgly0001652477

文献类型 期刊论文

文献题名 山茶属叶绿体全基因组微卫星特征分析及标记开发

作者 殷鑫  温强  王建文  李田  叶金山  徐立安 

作者单位 南京林业大学南方现代林业协同创新中心  江西省林业科学院省植物生物技术重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年20期

年份 2018 

分类号 Q943.2 

关键词 山茶属  叶绿体基因组  叶绿体微卫星  标记开发 

文摘内容 以山茶属9个组9个物种的叶绿体基因组(chloroplast genome DNA, cpDNA)全序列为研究对象,统计分析其简单重复序列(chloroplast simple sequence repeat, cpSSR)或称微卫星分布特征。结果表明山茶属各物种cpSSR数量及组成相对一致,不同微卫星重复基序中以三核苷酸基序为主,平均约占70%,随后是单核苷酸及二核苷酸基序。各物种单核苷酸和三核苷酸重复碱基类型较为一致,分别为A/T和AAG/TTC。比较叶绿体基因组的不同结构位置,各物种总的表现规律为小单拷贝区(small single copy, SSC) cpSSR分布比例最高,而反向重复区(inverted repeat, IR)最低;同时比较叶绿体基因组的不同功能区域,山茶属各物种的cpSSR主要分布于非编码区。cpSSR种间变异分析表明,cpSSR在山茶属内各组物种间差异较小,整体保持一个较高的一致性,说明山茶属是一个亲缘关系较近的属。对重复基序类型来说,单核苷酸重复基序cpSSR的变异率最高;在各结构域中,cpSSR在大单拷贝区(large single copy, LSC)的变异最大,变异比例占63.46%;而对功能区域来说,非编码区分布的cpSSR的变异率则高于编码区。研究同时建立了山茶属cpSSR分子标记体系,初步筛选出在种间具有较好多态性的cpSSR标记。本研究为今后山茶属多态性的cpSSR标记开发及应用提供重要的理论依据与物质基础。