草菇α-淀粉酶基因的生物信息学分析

编号 zgly0001466880

文献类型 期刊论文

文献题名 草菇α-淀粉酶基因的生物信息学分析

作者 杜慕云  杨仁德  李剑  谢宝贵 

作者单位 贵州省土壤肥料研究所  福建农林大学菌物研究中心 

母体文献 食用菌学报 

年卷期 2014年03期

年份 2014 

分类号 S646.13 

关键词 草菇  α-淀粉酶基因  生物信息学 

文摘内容 基于草菇(Volvariella volvacea)基因组和转录组数据,通过生物信息学的方法对草菇α-淀粉酶基因进行基本理化性质、内含子和外显子结构、信号肽、亚细胞定位和功能位点的预测与分析,并构建系统发育树。结果表明:编码草菇α-淀粉酶的基因有5个,分别为GME2151、GME6695、GME9075、GME10698和GME10705;5个基因编码的蛋白相对分子量介于38.8~64.6kD之间,磷酸化以Ser位点为主,大都存在信号肽,亚细胞定位在细胞外,保守结构域和空间结构相似度较高。和其它的担子菌一样,草菇α-淀粉酶可以分为两类:GME9075和GME10698归为α-淀粉酶Ⅰ类,GME2151、GME6695和GME10705属于α-淀粉酶Ⅱ类。