杜仲MEP途径系列基因5′端非编码区的顺式作用元件预测

编号 zgly0001436650

文献类型 期刊论文

文献题名 杜仲MEP途径系列基因5′端非编码区的顺式作用元件预测

作者 乌云塔娜  刘慧敏  杜红岩 

作者单位 中国林业科学研究院经济林研究开发中心  国家林业局杜仲工程技术研究中心  中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室  中南林业科技大学林学院 

母体文献 经济林研究 

年卷期 2013年04期

年份 2013 

分类号 S567.19 

关键词 杜仲  MEP途径  5′端非编码区  顺式作用元件 

文摘内容 为深入了解杜仲MEP途径基因5′端非编码区的功能,在杜仲转录组和全基因组序列的基础上,利用生物信息学方法系统预测了MEP途径系列基因5′端非编码区顺式作用元件的结构和功能。生物信息学分析表明:EuDXS2基因5′端非编码区预测出共有22种共220个顺式作用元件,其中包含启动子顺式元件145个TATA-box和39个CAAT-box的可能位点;EuDXR基因5′端非编码区预测出21种共127个顺式作用元件,68个TATAbox和32个CAAT-box;EuCMK基因5′端非编码区预测出24种共134个顺式作用元件,包含32个CAAT-box和68个TATA-box;EuMDS基因5′端非编码区共预测出30种共104个顺式作用元件,其中43个CAAT-box和23个TATA-box;EuHDS基因5′端非编码区预测出35种共126个顺式作用元件,包括29个CAAT-box和34个TATA-box;EuHDR基因5′端非编码区预测出24种共115个顺式作用元件,包含19个CAAT-box和67个TATA-box。