菊花EST-SSR分析及标记开发

编号 zgly0001438331

文献类型 期刊论文

文献题名 菊花EST-SSR分析及标记开发

作者 万志兵  陈燕  闫莹莹  陈黎 

作者单位 黄山学院生命与环境科学学院 

母体文献 西南林业大学学报 

年卷期 2013年01期

年份 2013 

分类号 S682.11 

关键词 表达序列标签  简单重复序列  微卫星变异  菊花 

文摘内容 为了开发菊花的分子标记,对7 087条菊花EST进行拼接,得到275个contigs,发现50个SSR位点;在拼接的contigs中SSR平均密度为每2 854.3 bp含有1个SSR。三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的50.00%;在二碱基重复中,最主要的优势重复基元是AC和AG;三碱基中CAT和CCA为优势重复基元;四碱基、五碱基重复类型中,(TTTN)n和(ATTTN)n重复基元为对应优势基元;这些优势重复基元中富含碱基A和T,菊花EST序列中高度变异的微卫星(长度>20 bp)约占2.00%。根据得到的菊花EST-SSR,共设计出428对引物,并选取了28对SSR引物对黄山贡菊基因组DNA进行PCR扩增,其中有27对引物扩增成功。