杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发

编号 zgly0000799550

文献类型 期刊论文

文献题名 杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发

作者 万志兵  王小龙  管宏伟  仰皖旭  尹佟明  张新叶 

作者单位 江苏省杨树品种改良与种质创新重点实验室(南京林业大学) 

母体文献 东北林业大学学报 

年卷期 2012(6)

页码 76-80

年份 2012 

分类号 S718.81 

关键词 表达序列标签  SSR标记  杨树锈菌  微卫星变异 

文摘内容 通过对64 498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1 998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点。在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR。在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70%。在二碱基重复中,最主要的优势重复单元是AC和AT,三碱基中AGT和AAG为优势重复单元,四碱基、五碱基重复类型中,(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T,研究还发现杨树锈菌表达序列中微卫星丰度很高。杨树锈菌突变频率很高,由试验结果推测杨树锈菌基因中含有的微卫星序列是杨树锈菌基因变异的一个重要驱动力。杨树锈菌EST序列中高度变异的微卫星(长度大于20 bp)约占15.07%。针对检测到的微卫星位点,共设计了455对引物,并选取了30个SSR引物对对杨树锈菌基因组DNA进行PCR扩增,其中有27个引物对扩增成功,占90.0%。扩增产物电泳结果显示,有21个引物对扩增出的谱带在预期片段大小范围之内,有8个引物对在杨树锈菌DNA中检测到了多态性,多态性引物对占26.7%。