利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异

编号 zgly0001703899

文献类型 期刊论文

文献题名 利用转录组信息揭示刺芹侧耳单核和双核菌丝中小RNA的表达差异

作者 尚俊军  汪滢  龚明  杨瑞恒  唐利华  万佳宁  李焱  茅文俊  本田与一  鲍大鹏  李燕 

作者单位 上海市农业科学院食用菌研究所农业农村部南方食用菌资源利用重点实验室国家食用菌工程技术研究中心国家食用菌加工技术研发分中心  日本京都大学农业研究生院环境科学与技术系森林生物化学实验室 

母体文献 食用菌学报 

年卷期 2020年02期

年份 2020 

分类号 S646.14 

关键词 刺芹侧耳  转录组测序  小RNA 

文摘内容 利用Illumina HiSeq 2500高通量测序平台,对刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)双核菌株‘杏韩’及其原生质体单核化菌株‘181’和‘183’菌丝的小RNA文库进行测序分析。将测序获得的高质量reads与Rfam数据库和刺芹侧耳基因组测序数据进行比对,发现来源于rRNA、tRNA、snRNA和snoRNA等非编码RNA的reads占47.4%,来源于mRNA降解的reads占15.5%。将剩余的37.1%reads与miRBase数据库比对,发现946条小RNA匹配数据库中其他物种的成熟miRNA。进一步对这些小RNA在单核菌株和双核菌株中的表达量进行比较,发现双核菌株中高表达量的小RNA比单核菌株中多19.4%。单核和双核菌株差异表达小RNA分析结果显示,单核菌株中只有39条小RNA表达量上调,而双核菌株中有196条小RNA表达量上调。