黑尾地鸦线粒体基因组序列测定与分析

编号 zgly0000709006

文献类型 期刊论文

文献题名 黑尾地鸦线粒体基因组序列测定与分析

学科分类 220.1520;林木遗传学

作者 柯杨  黄原  雷富民 

作者单位 陕西师范大学生命科学学院  中国科学院动物研究所动物系统与进化重点实验室 

母体文献 遗传 

年卷期 2010,32(9)

页码 951-960

年份 2010 

分类号 Q943 

关键词 黑尾地鸦  线粒体基因组  rRNA二级结构  控制区 

文摘内容 采用长PCR扩增的线粒体DNA和引物步移法, 测定并注释了中国特有鸟类—黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的线粒体基因组全序列。黑尾地鸦的mtDNA序列全长16 867 bp, GenBank登录号GU592504。基因含量和排列次序与原鸡的一致, 包含13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA和1个控制区(D-loop)。除COI基因以GTG作为起始密码子外, 其余12个蛋白质编码基因均以典型ATG密码子起始。11个蛋白编码基因以完全终止密码子TAA、AGG或AGA终止, COIII和ND4基因终止密码子为不完整的T。tRNASer(AGY)的DHU臂缺失, tRNALeu(CUN)的反密码子环由9个碱基构成, 而不是标准的7个碱基。其余的20个tRNA基因的二级结构均属典型的三叶草结构。预测了rRNA的二级结构, 其中, 12S rRNA二级结构包含4个结构域, 43个茎环结构; 16S rRNA的二级结构包含6个结构域, 55个茎环结构。此外, 在其他鸟类控制区中所发现的F-box、D-box、C-box、B-box、Bird similarity-box和CSB1-box也同样存在于黑尾地鸦中。