兴安落叶松Ty1-copia型逆转座子逆转录酶序列的克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001496259

文献类型 期刊论文

文献题名 兴安落叶松Ty1-copia型逆转座子逆转录酶序列的克隆及生物信息学分析

作者 李雪辉  陈凌  马钰昆  林晓飞  白玉娥  张国盛  张文波 

作者单位 内蒙古农业大学  内蒙古大学 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2015年09期

年份 2015 

分类号 S791.222  Q943.2 

关键词 兴安落叶松  Tyl-cpoai型逆转座子  逆转录酶  异质性 

文摘内容 为深入了解兴安落叶松的基因组构成及其逆转座子基因的特征,本研究克隆了其逆转座子逆转录酶序列,并进行了生物信息学分析。根据Tyl-copia型逆转座子逆转录酶的保守序列设计简并引物,并利用PCR技术获得了26条逆转座子逆转录酶序列。这些序列去除引物后的核苷酸长度范围为237~251 bp,序列间相似度为55.9%~90.9%,可被分为6个家族。氨基酸预测结果显示,有3条序列存在移框突变,9条序列存在终止密码子突变。系统进化分析显示,所克隆的17条没有发生终止密码子突变的序列分别与处于不同进化阶段的其他植物的Tyl-copia型逆转录酶具有共同的起源。研究结果证实兴安落叶松含有类型丰富的Tyl-copia型逆转座子,可为该物种逆转座子基因资源的开发和利用提供依据。