口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报

编号 zgly0001340176

文献类型 期刊论文

文献题名 口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报

作者 相磊  陈小玲  李伍举  梁之昶  章振华  王学文  胡国良  徐福洲  石岗 

作者单位 江西农业大学动物科技学院  北京市农林科学院畜牧兽医研究所  军事医学科学院基础医学研究所  新疆农业大学动物科技学院  北京市农林科学院畜牧兽医研究所 江西南昌330045  北京100097  北京100850  新疆乌鲁木齐830052  江西南昌330045 

母体文献 动物医学进展 

年卷期 2008年02期

年份 2008 

分类号 S854.4 

关键词 口蹄疫病毒  血清型  基因型  VP1基因  基因芯片  寡核苷酸探针 

文摘内容 为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。