香樟FPPS基因的克隆及生物信息学分析

编号 zgly0001648475

文献类型 期刊论文

文献题名 香樟FPPS基因的克隆及生物信息学分析

作者 张瑶瑶  宋丽  刘伟  曹先爽  王煜炜  王进 

作者单位 国际竹藤中心国家林业局竹藤科学与技术重点实验室 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2018年19期

年份 2018 

分类号 S792.23 

关键词 香樟  FPPS基因  基因克隆  生物信息学分析  萜类物质 

文摘内容 本研究目的是克隆香樟法尼基焦磷酸合酶(farnesyl pyrophosphate synthase, FPPS)的cDNA序列,并开展生物信息学分析,为香樟植物萜类物质的合成及调控机理研究提供基础。本研究利用香樟转录组的测序数据,设计特异性PCR引物,应用反转录PCR技术扩增获得香樟FPPS基因,经生物信息学分析,对该基因编码的蛋白进行表征。香樟FPPS基因的开放读码框(ORF)序列全长为1 053 bp,编码350个氨基酸,蛋白分子量为40.42 kD,理论等电点为5.25。香樟FPPS是一个定位于细胞质,不含信号肽的不稳定亲水性蛋白,具有类异戊二烯类化合物合酶的特征结构域并含有7个保守结构域,氨基酸序列二级结构主要为α-螺旋。通过氨基酸序列的同源性分析发现,香樟CcFPPS的氨基酸序列与山苍子、陆地棉和野大豆等植物的FPPS氨基酸序列有较高的同源性。分子进化树分析表明,香樟CcFPPS蛋白与樟科植物山苍子FPPS蛋白的亲缘关系最近。本研究首次成功从香樟中克隆了CcFPPS基因并进行了生物信息学分析,为进一步研究CcFPPS基因在萜类合成调控的功能提供理论依据。