基于全基因组重测序技术的‘红叶’杜仲SNP位点开发

编号 zgly0001691263

文献类型 期刊论文

文献题名 基于全基因组重测序技术的‘红叶’杜仲SNP位点开发

作者 杨赟  陈梦娇  杜庆鑫  朱景乐  杜红岩  杨绍彬 

作者单位 国家林业和草原局泡桐研究开发中心经济林种质创新与利用国家林业和草原局重点实验室  南京林业大学林学院  河南农业大学林学院 

母体文献 植物研究 

年卷期 2019年06期

年份 2019 

分类号 S687 

关键词 ‘红叶’杜仲  全基因组重测序  花色苷  SNP 

文摘内容 为了挖掘与‘红叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Hongye’)红叶性状紧密联系的SNP位点,进一步揭示红叶性状的遗传基础和分子机理。以‘红叶’杜仲和普通绿叶杜仲‘小叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Xiaoye’)为研究材料,进行覆盖深度约为10x的全基因组重测序。使用Snp Eff软件预测变异位点对蛋白编码的影响,结合花色苷的代谢通路和关键酶基因,筛选与‘红叶’杜仲叶色形成相关的差异位点。利用Sanger测序二代测序筛选的SNP位点,分子标记验证群体是‘红叶’杜仲和‘小叶’杜仲。结果表明,‘红叶’杜仲测序产生Clean data为14. 16 Gb,‘小叶’杜仲产生Clean data为14. 29 Gb。在‘红叶’杜仲中注释到严重影响蛋白质功能的有1 516个SNP,中度影响的41 328个SNP,在‘小叶’杜仲中存在严重影响蛋白质功能的SNP为1 640个,中度影响功能的SNP为47 192个。测得26 722条基因中有228条基因是与花色苷或类黄酮合成相关的酶基因。经过筛选,确定了12个特异性的SNP位点,均属于外显子区域的错义突变。利用一代测序验证,根据SNP位置设计了7对引物,SNP准确率达到100%。