O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型

编号 zgly0001323423

文献类型 期刊论文

文献题名 O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型

作者 相磊  章振华  胡国良  陈小玲  梁之昶  徐福洲  石岗 

作者单位 江西农业大学动物科技学院  北京市农林科学院畜牧兽医研究所  新疆农业大学动物科技学院  北京市农林科学院畜牧兽医研究所 江西南昌330045  北京100097  江西南昌330045  新疆乌鲁木齐830052 

母体文献 动物医学进展 

年卷期 2007年03期

年份 2007 

分类号 S852.65 

关键词 O型口蹄疫病毒  基因型/拓扑型  系统发育树  VP1基因 

文摘内容 从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验证分型结果与已知基因型是否一致。然后以已知基因型序列作为参照,将未知基因型序列与已知基因型序列一起构建系统发育树,以已知基因型序列在系统发育树中所处的位置,来判断未知基因型序列的归属,从而明确它们归属于何种基因型。结果表明,采用此种分型方法获得Cathay型74条、SEA型24条、EA型4条、WA型4条、Euro-SA型21条、ME-SA型68条、ISA-1型3条、ISA-2型2条,未能分型序列10条。