基于转录组数据高通量发掘扶桑绵粉蚧微卫星引物

编号 zgly0001468346

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据高通量发掘扶桑绵粉蚧微卫星引物

作者 罗梅  张鹤  宾淑英  林进添 

作者单位 仲恺农业工程学院外来有害生物预警与控制研究所 

母体文献 昆虫学报 

年卷期 2014年04期

年份 2014 

分类号 S433 

关键词 扶桑绵粉蚧  转录组  简单重复序列  微卫星DNA  引物 

文摘内容 【目的】扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley是我国重要的检疫性害虫。简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)研究在遗传图谱和物理图谱的构建、分子标记辅助育种、品种鉴定、基因定位、遗传多样性、动植物分类和进化等方面具有重要意义。筛选的SSR引物将为扶桑绵粉蚧遗传多样性分析、进化分析及入侵生物学等奠定基础。【方法】利用高通量搜索的方法对扶桑绵粉蚧转录组中28 120条unigenes的数据进行搜索。【结果】共找到1 781个SSR位点。扶桑绵粉蚧转录组中SSRs的主要重复类型是单核苷酸重复,占SSR总数的89.44%;其次是三核苷酸重复,占SSR总数的7.52%。单核苷酸重复里主要是A/T基序,占了总量的87.42%。基于筛选的SSRs,运用Primer 3软件进行引物的批量设计,共有481个unigenes成功设计引物,共设计出1 228对引物。【结论】研究表明利用扶桑绵粉蚧转录组数据开发SSR标记是可行的,本研究开发的引物将为扶桑绵粉蚧遗传多样性分析、进化分析及入侵生物学等奠定基础。