基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定

编号 zgly0001528243

文献类型 期刊论文

文献题名 基于中国樱桃转录组的SSR分子标记开发与鉴定

作者 宗宇  王月  朱友银  邵姁  李永强  郭卫东 

作者单位 浙江师范大学化学与生命科学学院浙江省特色经济植物生物技术研究重点实验室  金华职业技术学院农业与生物工程学院 

母体文献 园艺学报 

年卷期 2016年08期

年份 2016 

分类号 S662.5 

关键词 中国樱桃  转录组  SSR  种质资源  遗传多样性 

文摘内容 对中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)休眠芽转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,发现了7 197个SSR位点,总的发生频率为15.62%。SSR重复类型以二核苷酸发生频率最高(58.65%),三核苷酸次之(34.72%)。利用8对多态性引物在24份樱桃种质中进行了引物有效性验证和遗传多样性分析,结果表明有效等位基因数最大值为2.92(Pp SSR2),最小值为1.09(Pp SSR8),平均值为1.73;香农多样性指数变化范围是0.202~1.290,平均值为0.755。观察杂合度和期望杂合度的变化范围分别是0.083~0.917和0.082~0.671;平均值分别为0.391和0.384。香农多样性指数、观察杂合度和期望杂合度3个多样性指数最大值均出现在位点Pp SSR2,最小值出现在位点Pp SSR8。基于SSR标记的24份樱桃种质的聚类结果与经典的形态学分类不完全一致,但聚类结果清晰地划分出5个不同组别,说明浙江省的中国樱桃种质资源遗传多样性丰富。两个龙泉地方品种与其他的浙江樱桃种质资源明显不同,它们与山樱和浙闽樱有着更紧密的遗传关系,该地方品种可以作为樱桃新品种选育的优良材料,有利于拓宽现有樱桃栽培品种的遗传背景。