基于454测序的油茶DNA序列微卫星观察与分析

编号 zgly0000817476

文献类型 期刊论文

文献题名 基于454测序的油茶DNA序列微卫星观察与分析

学科分类 220.45;经济林学

作者 温强  徐林初  江香梅  李江  顾胤聪  徐立安  黄敏仁 

作者单位 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室 

母体文献 林业科学 

年卷期 2013(8)

页码 43-50

年份 2013 

分类号 S718.46 

关键词 山茶属  454高通量测序  微卫星 

文摘内容 采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息.结果显示: 3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少.在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重复单元长度呈负相关,推测二碱基微卫星理论多态性最高,而五碱基微卫星理论多态性最低;对在无冗余独立基因各区域中的微卫星进行统计,显示分布比例依次为3＇UTR >CDS>5＇UTR,在相同区域内比较,UTR区域中二碱基微卫星占总数量比例最大,CDS区域内三碱基微卫星的比例最高,此外5＇UTR区域的三碱基微卫星的分布比例均高于3＇UTR,初步推断5＇UTR区域的微卫星相对3＇UTR要保守些.